# EasyMetagenome

**Repository Path**: jameyjew/EasyMetagenome

## Basic Information

- **Project Name**: EasyMetagenome
- **Description**: Easy Metagenome Pipeline 2019 (1.0)
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: GPL-3.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 1
- **Forks**: 1
- **Created**: 2021-09-14
- **Last Updated**: 2022-07-29

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# 易宏基因组(EasyMetagenome)——最简单易学易用的宏基因组分析流程

版本：EasyMetagenome v1.11

更新时间：2021/5/7

## 文件介绍

- 1SoftDb.sh：软件和数据库安装
- 2Pipeline.sh：分析流程
- 3StatPlot.sh：统计和可视化代码

Shell代码兼容Markdown格式，可使用有道云笔记中Markdown笔记中查看，有目录导航更方便浏览和阅读。

各文档附录部分为常见问题，供参考。

## 使用方法

在64位版本系统，如Ubuntu 18.04/20.04，CentOS7/8的系统，按代码1，2，3逐步运行

在命令行，或RStudio的Shell环境下使用，可以有道云笔记中显示代码目录，方便预览大纲

## 引用

使用此流程代码，请引用：

Yong-Xin Liu, Yuan Qin, Tong Chen, Meiping Lu, Xubo Qian, Xiaoxuan Guo & Yang Bai. (2021). A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data. Protein & Cell 12, 315-330, doi: https://doi.org/10.1007/s13238-020-00724-8